データの消去ではなく、行/列削除します

PowerPointで「グラフの挿入」を実行すると、Excelが起動します。シートにあらかじめ入力されているサンプルデータの数値を変更すると、その値がグラフに反映されます。サンプルデータの範囲に青い線が表示されており、この枠線内がグラフのデータ範囲となります。
実際にグラフにしたい項目がサンプルデータより多い場合は、サンプルデータの下または右のセルにデータを入力すれば、自動的に青い線が示す範囲が拡張します。サンプルデータより少ない場合は、不要な行または列を削除するのが確実です。行削除または列削除をすれば、青い線が示す範囲も自動的に変更されます。

セルに入力されているデータを消去するだけでは、青い線の範囲は変わらないので、データがない部分もグラフには表現されたままで、期待するグラフにはなりません。

グラフで表すデータ入力が済んだら、Excelは閉じてかまいません。PowerPointの画面でグラフの書式は設定できます。
グラフの元になるデータを変更するには、「デザイン」タブの「データの編集」を選択します。再びExcelが起動して、変更できるようになります。
なお、「行/列の切り替え」（凡例項目（データ系列）と軸ラベル項目を逆にする）を実行するときも、「データの編集」を選択して、Excelを起動した状態にする必要があります。

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